本赛题提供三份数据:
1. 第一份数据为训练测试数据集,以TFRecord数据格式进行存储,
包含预处理后的突变前后序列(/),以及突变效应z等信息.
2. 第二份数据为突变注释表,包含突变的基因id、转录因子id、突变前后位点信息、突变效应等信息;
3. 第三份数据为基因信息表,包含基因名称,位置,转录因子结合位点等信息。
第一份数据:训练测试数据集
数据集基于hg38参考基因组构建,采用TFRecord格式存储。每个样本包含突变参考与替换
等位的DNA序列,使用one-hot编码表示,序列长度为20480bp,并以突变位点居中。数据处理流程中,我们以突变位点为中心,从参考基因组提取突变前后窗口序列,生成(
/
)输入对;对应的标签为基因表达突变效应z,该数据来源于多个组织与细胞的RNA-seq数据计算,反映综合的表达变化得分。最终,训练和测试数据均以TFRecord格式提供,参赛选手可使用附件中的示例代码进行读取与解析。
第二份数据:变异注释表
TSV文件,包含突变的基因名称、转录因子、突变前后位点信息、突变效应等信息,
第三份数据:基因信息表
TSV 文件,包含基因名称,位置,转录因子等信息,
下载地址1(推荐):2510:DNA突变对基因表达的效应预测
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