GEOM(Geometric Ensemble Of Molecules)是一个包含3700万个分子构象的数据集,这些构象以能量和统计权重标注,涵盖超过 450,000 个分子,其中3D分子结构首先由 RDKit初始化,然后经由ORCA 和CREST程序优化。GEOM数据集包含两个子集:GEOM-QM9 和 GEOM-Drugs,是评估不同分子构象生成方法性能的常用基准数据集。
GEOM-QM9 数据集包含了原始 QM9 数据集中的 133258 个有机小分子。该数据集中的所有分子最多包含9个重原子和29个总原子(包括氢原子),具有非常小的分子质量和少量的可旋转键。重原子的类型限于碳、氮、氧和氟。
GEOM-Drugs 数据集包含了更大的类药分子,平均有 44.4 个原子(24.9 个重原子),最多有 181 个原子(91 个重原子)。这些大分子包含显著的灵活性,例如,平均有 6.5 个可旋转键,最多可达 53 个。(文件太大,因此附件中没有上传,可从https://dataverse.harvard.edu/dataset.xhtml?persistentId=doi:10.7910/DVN/JNGTDF处下载获得)