CNAI4S
智算平台热点追踪算子框架领域模型科学任务智算套件数据资源智算评测协作社区运行情况

友情链接

科技部工信部北京航空航天大学浙江大学
中山大学北京大学华中科技大学之江实验室
百度飞桨华为昇思中科可控
版权所有:科学智算共性平台 京ICP备18020905号-2
京公网安备11010802046602号
联系邮箱: tianyuc@buaa.edu.cn
数据资源
竞赛数据集2024

基于DNA序列信息预测基因表达数据集

680 浏览 207 下载 0 收藏 2 点赞
A
AI群智社区
查看原始数据源

数据集描述

1. 使用GM12878细胞系,基于在hg19坐标系当中处理后的数据集,其中包含DNA序列信息,mRNA半衰期特征等。

数据集文件包含训练集(train.h5), 验证集( valid.h5), 测试集(test.h5) 三份文件。每份文件为h5格式,每份文件包含gene_id(基因id), halflife (半衰期), promoter(启动子),label(标签) 四个键值。其含义如下:

gene_id (基因id):数据的每条数据为通用的ENSID ,为Ensembl数据库使用的ID标识符,用于唯一标识不同的分子特征,例如基因、转录本、外显子和蛋白质等。

halflife(半衰期):数据的每条数据以UTR5LEN、CDSLEN、INTRONLEN、UTR3LEN、UTR5GC、CDSGC、UTR3GC、ORFEXONDENSITY 顺序排列,每条数据经过标准化处理。半衰期具体数据含义如下:

promoter (启动子)每条数据为DNA序列数据,每一条数据为长度20000bp的DNA序列(TSS ±10000bp),其中的每一个碱基(ATCG)为one-hot 处理后的结果。碱基one-hot对应编号为{'A':0, 'C':1, 'G':2, 'T':3}。

label (标签)为预测目标,包含0,1两类数值,其中0表示该条数据对应的基因为低表达基因,1表示该条数据对应的基因为高表达基因。




下载地址1(推荐):基于DNA序列信息预测基因表达数据集 (aisccc.cn)
下载地址2(备用):https://pan.quark.cn/s/0cbf5d87b763

下载文件

CG2404.zip

数据集信息

领域
竞赛数据集
浏览
680
下载
207

同类数据集

大语言模型解答高中理科题目性能评估数据集
竞赛数据集1

大语言模型解答高中理科题目性能评估数据集

2024
32641542AI群智社区
基于深度学习算法的股票趋势预测数据集
竞赛数据集1

基于深度学习算法的股票趋势预测数据集

2024
1401478AI群智社区
2517:星系特征提取
竞赛数据集1

2517:星系特征提取

2025
865330AI群智社区
2504:糖尿病精准亚型识别
竞赛数据集1

2504:糖尿病精准亚型识别

2025
905320AI群智社区