1. 使用GM12878细胞系,基于在hg19坐标系当中处理后的数据集,其中包含DNA序列信息,mRNA半衰期特征等。
数据集文件包含训练集(train.h5), 验证集( valid.h5), 测试集(test.h5) 三份文件。每份文件为h5格式,每份文件包含gene_id(基因id), halflife (半衰期), promoter(启动子),label(标签) 四个键值。其含义如下:

gene_id (基因id):数据的每条数据为通用的ENSID ,为Ensembl数据库使用的ID标识符,用于唯一标识不同的分子特征,例如基因、转录本、外显子和蛋白质等。
halflife(半衰期):数据的每条数据以UTR5LEN、CDSLEN、INTRONLEN、UTR3LEN、UTR5GC、CDSGC、UTR3GC、ORFEXONDENSITY 顺序排列,每条数据经过标准化处理。半衰期具体数据含义如下:

promoter (启动子)每条数据为DNA序列数据,每一条数据为长度20000bp的DNA序列(TSS ±10000bp),其中的每一个碱基(ATCG)为one-hot 处理后的结果。碱基one-hot对应编号为{'A':0, 'C':1, 'G':2, 'T':3}。
label (标签)为预测目标,包含0,1两类数值,其中0表示该条数据对应的基因为低表达基因,1表示该条数据对应的基因为高表达基因。
下载地址1(推荐):基于DNA序列信息预测基因表达数据集 (aisccc.cn)
下载地址2(备用):https://pan.quark.cn/s/0cbf5d87b763